وظایف معاونت آموزشی و تحصیلات تکمیلی عبارتند از  :    

۱ـ اداره و نظارت بر حسن اجرای کلیه سیاستها، مقررات و فرآیندهای آموزش و تحصیلات تکمیلی موسسه، منطبق بر قوانین، مصوبات، مقررات و آئین‌نامه‌های اجرایی مربوطه با رویکرد گسترش دوره‌های تحصیلات تکمیلی؛
 ۲ـ برنامه‌ریزی امور آموزشی و تحصیلاتی تکمیلی با همکاری واحدهای ذیربط و نظارت بر حسن اجرای وظایف واحدهای وابسته و اجرای برنامه‌ها و فعالیت‌های آموزشی هر دانشکده و ارزیابی آن و ارائه گزارش لازم به هیأت رییسه؛
 ۳ـ پایش و ارزیابی عملکرد آموزشی دانشجویان و اعضای هیأت علمی و مدیران آموزشی واحدهای مختلف در هر نیمسال و انعکاس آن به ریاست دانشگاه و اعلام نتیجه ارزیابی به اعضای هیأت علمی؛

۴ـ اجرای دوره‌های کوتاه مدت آموزشی و ضمن خدمت؛
۵ ـ برنامه‌ریزی جهت تامین امکانات و تخصیص اعتبار لازم جهت تعامل علمی ـ آموزشی حوزه و دانشگاه و ایجاد زمینه مناسب جهت نیل به علم دینی و علوم انسانی اسلامی؛
۶ ـ برنامه‌ریزی آموزشی موسسه در راستای سند چشم‌انداز، نقشه جامع علمی و آمایش سرزمین؛
۷ـ اهتمام به برگزاری دوره‌های توانمندسازی و دانش‌افزایی؛
۸ ـ ارزیابی و بازنگری محتوای سرفصل‌ها به منظور به روز رسانی، کارآمدی اعضای هیأت علمی موسسه، غنابخشی و ارزش مداری و ارائه پیشنهاد لازم به وزارتین حسب مورد؛

 ۹ـ برنامه‌ریزی برای ارتقـای مهارتهـای علمـی ـ تخصصـی دانشجویان جهت ورود به‌ جامعه؛ 
 ۱۰ـ نظارت و ارزیابی فرآیند اجرایی شدن نقشه جامع علمی کشور در موسسه با هماهنگی وزارت متبوع